Առողջական խնդիրների պատճառով Հենրիխ Մխիթարյանը երեկ չկարողացավ մեկնել Ստեփանակերտ: Նա ներկա չէր նաեւ ՀՀ սպորտի եւ երիտասարդության հարցերի նախարարության կազմակերպած մեծարման երեկոյին:
Վերջին տարիներին Մխիթարյանն Արցախում հանդես է եկել բարեգործական նախաձեռնություններով, հանդիպել է արցախահայության հետ, նյութական աջակցություն է ցույց տվել Արցախյան պատերազմի ազատամարտիկներին ու նրանց ընտանիքներին:
