2004 թվականի հումվարի 11-ից Գուրգեն Մարգարյանը մասնակցում էր ՆԱՏՈ-ի «Գործընկերություն հանուն խաղաղության» անգլիալեզու ուսումնական դասընթացներին։ Փետրվարի 19-ին սպանվեց ադրբեջանցի սպա Ռամիլ Սաֆարովի կողմից, որը քնած ժամանակ կացնի 16 հարված է հասցրել դեմքին՝ դրանով իսկ համարյա անջատելով գլուխը մարմնից:
Ռամիլ Սաֆարովի դատավարությունն անցավ Հունգարիայում։ Դատարանում Սաֆարովի պաշտպանությունը նրա գործողությունների խթան էր համարում Սաֆարովի վրա ղարաբաղյան պատերազմի իրադարձությունների հետքերը։ Դատարանի կողմից անցկացված բժշկական փորձաքննությունը նրան մեղսունակ ճանաչեց։ Դատարանը Սաֆարովին դատապարտեց ցմահ բանտարկության՝ առաջին 30 տարում առանց համաներման իրավունքի։ Դատավորն իր որոշումը բացատրեց Սաֆարովի կատարած հանցագործության առավել դաժանությամբ և նրանով, որ Սաֆարովն այդպես էլ չգիտակցեց իր գործողությունները: 2012 թվականի օգոստոսի 31-ին Սաֆարովի հանձնվեց Ադրբեջանին՝ հետագա պատիժն այնտեղ կրելու համար, և նույն օրն էլ ներում շնորհվեց նախագահի կողմից, բնակարան նվեր ստացավ և կոչումը բարձրացվեց մինչ մայոր՝ ութ տարվա աշխատավարձի վճարումով, որոնք նա անցկացրել էր անազատության մեջ։ Տվյալ որոշումը հանգեցրեց Հայաստանի և Հունգարիայի միջև դիվանագիտական հարաբերությունների խզման:
