Սյունիքի ուշ միջնադարյան ճարտարապետության մեջ առանձնակի տեղ են գրավում Մեղրու գմբեթավոր երեք եկեղեցիները: Դրանցից մեկը XVII դ. կառուցված Ս. Հովհաննես եկեղեցին է: Գտնվում է Մեղրի քաղաքի հյուսիսային բարձրադիր մասում: Քառամույթ, գմբեթավոր, բազիլիկ կառույց է: Եկեղեցին կառուցված է տեղական բազալտե քարից, իսկ գմբեթը աղյուսաշեն է: Արևմուտքից արևելք ձգված ուղղանկյուն դահլիճը երկու զույգ մույթերով բաժանված է երեք նավերի: Գնդաձև գմբեթը տեղադրված է աղոթասրահի կենտրոնում: Թմբուկը ներսից գլանաձև է, դրսից բազմանկյուն՝ 12 նիստով: Միակ մուտքը արևմտյան կողմից է: Եկեղեցու ներսը մշակված է աղյուսե դեկորատիվ որմնակամարներով: Խորշերն ու որմնակամարներն ունեն շեշտված սլաքաձևություն:
Եկեղեցուն արևմտյան կողմից կից է ուղղանկյուն հատակագծով, կիսաշրջանաձև թաղով, եռակամար բաց սրահը (այժմ՝ ավերակ):
«ԱՄՆ դեսպանների մշակութային արժեքների պահպանության հիմնադրամը» եկեղեցին ընտրել էր իր՝ որմնանկարչության հայկական ու պարսկական ոճերը մեկտեղող՝ տարածաշրջանում նմանը չունեցող բացառիկ որմնանկարների համար, և 7 տարի առաջ սկսվել էին որմնանկարների վերականգնման աշխատանքները։
Ամերիկյան կողմն այս ծրագրին 510 հազար ԱՄՆ դոլար է նվիրաբերել։ Ծրագրի շնորհիվ հաջողվել է կործանումից փրկել ու վերականգնել եզակի որմնանկարները, եկեղեցին ապահովվել է ջրահեռացման, օդափոխության համակարգերով, փոխվել է տանիքն ու բարեկարգվել դեպի հոգևոր տուն տանող ճանապարհը։
